協會于2003年4月經哈爾濱市民政局民間組織管理局登記注冊，8月份召開成立大會，是具有獨立法人資格的社會團體，是由執業醫師、執業助理醫師，醫療、預防、保健、科研、醫學教育等企事業單位及與醫師相關的社會團體自愿結成的全市性、行業性、非營利性社團組織。它標志著哈爾濱市醫師隊伍管理，由單一的衛生健康行政管理模式，向衛生健康管理和行業自律協同管理模式轉變的里程碑。協會的宗旨是：發揮行業“服務、協調、自律、維權、監督、管理”職能。致力于加強醫師隊伍建設和行業管理；維護醫師合法權益；弘揚以人為本，救死扶傷的人道主義職業道德； 開展對醫師的終身醫學教育，提高醫師醫療水平和服務質量；為全市人民的健康和社會主義建設服務。協會依法接受業務主管部門哈爾濱市衛生健康委員會、哈爾濱市民政局民間組織管理局和中國醫師協會的業務指導和監督管理。哈爾濱市醫師協會權力最高機構是全市醫師會員代表大會，理事會是全市會員代表大會的執行機構，常務理事會是決策領導機構。協會發揮行業職能作用，強化自律，建立健全各項規章制度，加強依法規范執業行為，組織學習《執業醫師法》、《醫師宣言》、《侵權責任法》等法律法規，加強行業宣傳，弘揚救死扶傷、無私奉獻的崇高職業精神。通過中國醫師獎、白求恩式的好醫生、人文醫生等評選活動，增強全心全意為病人服務的意識；開展對全市執業醫師的終身醫學教育和專科、專項技能培訓，倡導持證上崗；大力發展會員和專科醫師分會建設，舉辦各類學術交流、研討會、論壇等學術活動。哈爾濱市醫師協會曾被中國醫師協會評為優秀團體、被哈爾濱市民政局評為優秀社會團體、和5A級社團組織。