中國科學院昆明分院前身是中國科學院成立于1957年的中國科學院昆明辦事處，1958年擴建為中國科學院云南分院，1962年，中國科學院云南分院與四川分院、貴州分院合并，共同在成都成立中國科學院西南分院。1978年10月，經國務院批準，西南分院撤銷，成立中國科學院昆明分院。昆明分院作為中國科學院機關的派出機構，負責聯絡和協調中國科學院在云南和貴州地區(qū)的昆明植物研究所、昆明動物研究所、西雙版納熱帶植物園、地球化學研究所、國家天文臺云南天文臺5個科研單位。昆明分院建有4個國家重點實驗室，6個院重點實驗室，8個院地共建重點實驗室，2個院級研究中心，3個共建工程中心，有中國西南野生生物種質資源庫、探月工程地面應用系統(tǒng)40米射電望遠鏡、亞洲最大口徑的2.4米通用光學望遠鏡、亞洲最大的地面太陽觀測基地-撫仙湖一米太陽塔、西雙版納萬種植物園和昆明動物博物館、西南生物多樣性實驗室等重大科研平臺，擁有一批先進的大型科研儀器設備和完善的計算機網絡系統(tǒng)及生物多樣性信息系統(tǒng)。